Penalised complexity priors for the reconstruction of past population size from phylogenies

Resumo

Neste trabalho busca-se entender a influência da escolha da distribuição a priori nas inferências sobre a dinâmica populacional obtidas a partir de filogenias. Mais especificamente, considerando os resultados a posteriori obtidos a partir do modelo Skyride (Minin et al., 2008). Este modelo assume que o tamanho efetivo da população é dado por uma trajetória suave e define um processo de campo markoviano aleatório gaussiano (GMRF)
 como priori sobre o logaritmo do tamanho efetivo da população. O modelo depende de um parâmetro de precisão τ , associado com a suavidade da curva. O trabalho propõe uma análise investigando a escolha da priori para o parâmetro τ . Em particular, estudamos as
 chamadas prioris de complexidade penalizada (Penalised Complexity Priors) em comparação com a escolha padrão da distribuição Gamma. Foi feita uma investigação na literatura considerando trabalhos já realizados acerca da estimação do tamanho efetivo de uma população ao longo do tempo a partir de filogenias. A partir disso, propôs-se aplicar os estudos comparativos para realização de estimação para conjuntos de dados filogenéticos,
 tanto simulados quanto reais. A realização de experimentos para um conjunto de dados simulados foi feita com o pacote phylodyn do R abrangendo populações com trajetórias de tamanho constante, exponencial, cíclica e com efeito gargalo, e, em seguida, foram realizados experimentos com um conjunto de dados reais de Influenza H3N2. Através das métricas de avaliação da performance foi possível notar que a priori PC leva a resultados mais precisos, independentemente do número de folhas na árvore filogenética.

Ficha do documento

Tipo

Outro

Ano

2021

Instituição

Fundação Getulio Vargas

Fonte

Repositório da FGV

Idioma

Inglês

Acesso

Não informado

Identificador

oai:repositorio.fgv.br:10438/31847

Temas

Dados

Palavras-chave

Effective population sizePenalised Complexity PriorsPhylogeneticsSkyride ModelTamanho effetivo de uma populaçãoPriores de complexidade penalisadaModelo SkyrideFilogenéticaMatemáticaPopulação - EstatísticaTeoria bayesiana de decisão estatísticaMarkov, Campos aleatórios de